Su origen sigue siendo un misterio. Algunos autores lo asocian con Chicomóztoc, mítico lugar por el que habrían pasado los aztecas en su peregrinación hacia el Valle de México. Poderoso centro rector, logró concentrar 220 asentamientos y tiene una arquitectura muy relevante.

Fue el asentamiento prehispánico más grande del centro norte de México, ningún otro alcanzó su monumentalidad. Con una ocupación que abarcó de los siglos IV a XII de nuestra era, en su apogeo (del 600 al 850) fue un núcleo rector que controló 220 asentamientos a su alrededor. Poseía una red de caminos, manufacturados con lajas y relleno de arcilla sólidamente apisonados que comunicaban con lugares de acopio de recursos naturales como yacimientos de arcilla, maderas y vegetación, entre otros, así como con talleres de manufactura, pueblos agrícolas o santuarios para procesiones religiosas. Es decir, los caminos prehispánicos tenían distintas funciones. Llegó a tener una compleja organización jerárquica, su diversidad arquitectónica da testimonio de los distintos espacios de poder social, como residencias de élite, palacios, templos o plazas públicas y cancha de juego de pelota, a los que podían acceder personas de diverso estatus social. Se han inferido distintas hipótesis sobre su origen y la filiación de sus habitantes. En un principio se creía que, además de contingentes de las tribus herederas de los cazadores recolectores del norte, puede haber incluido pobladores de Teotihuacán o personas vinculadas con esa ciudad; quizá desempeñó una función defensiva contra invasiones chichimecas. También puede haberse convertido más tarde en capital de los caxcanes o de una federación de esa y otras etnias norteñas. Para cuando ocurre la Conquista española, llevaba siglos deshabitada. El evangelizador e historiador fray Juan de Torquemada identificó el sitio en 1615 como uno de los lugares donde se detuvieron los nahuas en su peregrinación desde el norte, y el jesuita Francisco Clavijero, en 1780, creyó ver en La Quemada el Chicomóztoc (“lugar de las siete cuevas”) del que provenían las Siete Tribus Nahuatlacas. Gracias a las excavaciones y estudios a partir de la década de 1980, se pudo determinar el horizonte temporal de la zona arqueológica en los periodos Clásico y Posclásico Temprano, con un desarrollo paralelo al de la vecina cultura Chalchihuites. La Quemada tiene estructuras mucho más considerables que cualquier otra zona arqueológica de la región, como La Ciudadela, complejo amurallado a lo largo de 800 metros por el norte, con paredes de seis metros de alto y cuatro de ancho; el Salón de las Columnas, que se extiende sobre 41 por 32 metros y pudo haber tenido un techo de seis metros de alto, o el Juego de Pelota, de 80 metros por 15, el mayor de la zona, con muros laterales de tres y cinco metros de altura. A ellos se añade la Pirámide Votiva, con paredes en talud (inclinadas hacia atrás por arriba) de 10 metros de altura, y restos de una escalinata cuya continuación a la cima —donde había un templo— desapareció en un derrumbe. Las zonas habitacionales constaban de un patio hundido presidido por un templo, como en Mesoamérica. Todas esas estructuras se levantaron sobre plataformas y terrazas edificadas en el cerro de La Quemada, y los muros y columnas están finamente construidos con lajas de roca volcánica conocida como riolita porfírica, la cual a su vez estaba recubierta con aplanados de barro y posiblemente una decoración mural que se ha perdido por completo, pero se puede inferir con base en otras antiguas ciudades prehispánicas. En algunas paredes se observa todavía el encalado pulido, al que se debe la fina apariencia general de la ciudad. En la actualidad se sabe que La Quemada fue un asentamiento urbano prehispánico que controló el valle de Malpaso y extendió sus redes de intercambio por los cañones del sur de Zacatecas, la región del Tunal Grande, los Altos de Jalisco y parte de Guanajuato y Michoacán.