Sin embargo, con anterioridad a ese desplazamiento, esta fracción sufrió una crisis que derivó en un quiebre que dio origen a tres grupos: los que postulaban emigrar al Partido Socialista a otras organizaciones de centroizquierda, argumentando que el MIR ya no tendría sentido con el fin de la dictadura; la Dirección Nacional Provisoria encabezada por Carlos Lafferte, Luciano Vejar, Mauricio Chamorro y Pedro Huerta...
En 1854 Nicaragua se constituyó en República y se instituyó la Presidencia por un período de cuatro años. El primer Presidente de Nicaragua fue el propio Fruto Chamorro, que asumió el nuevo cargo ese mismo año.
Al día siguiente el cónsul Thomas informaba del levantamiento contra el gobierno de Zelaya por parte de los generales Juan José Estrada y Emiliano Chamorro que, según él, se produciría el día 8 de septiembre pidiendo a su gobierno apoyo y reconocimiento para el futuro gobierno.
Aunque según la Constitución de 1858 no era posible presentarse a un segundo mandato presidencial, Martínez se hizo reelegir en 1863, lo cual motivó la insurrección del liberal Máximo Jerez y del conservador Fernando Chamorro.
El 26 de febrero de 1853 fue elegido Supremo Director del Estado de Nicaragua el conservador Fruto Chamorro. Bajo su mandato, una nueva Asamblea Constituyente elaboró una nueva Constitución, que puso fin al período del Directorio.
Mientras tanto, en Nicaragua, tras el asesinato de Pedro Joaquín Chamorro Cardenal el 10 de enero de 1978, se desató un gran malestar en el país y en marzo de 1979 las diferentes fracciones del comunista grupo guerrillero Frente Sandinista de Liberación Nacional firmaron el acuerdo de unidad; luego, en junio hicieron el llamamiento a la «Ofensiva Final» y convocaron a una huelga general.
En 1852, siendo Senador Director del Estado Fulgencio Vega (apoyado por el General Fruto Chamorro, la capital se fijó de manera definitiva en Managua, con el propósito de poner fin a la sempiterna rivalidad entre León y Granada, aunque esta decisión no se haría efectiva hasta 1858.
Chamorro murió en 1923 y lo sucedió el que era su vicepresidente, Bartolomé Martínez que se marcó como objetivo el liquidar la deuda que el país tenía con unos banqueros estadounidenses.
Sin embargo, dado que el gobierno era incapaz de controlar los nuevos focos de insurrección, los marines desembarcaron de nuevo en diciembre de 1926. En las elecciones de 1920 salió elegido Presidente Diego Manuel Chamorro que tomó posesión de su cargo ya en el año siguiente.
En 1914 se firmó el Tratado Bryan-Chamorro, mediante el cual se cedían a Estados Unidos todos los derechos para la construcción de un futuro canal interoceánico, a cambio de tres millones de dólares.
Entre otros cambios, el catolicismo se convertía en la religión oficial del estado, a instancias del conservador Emiliano Chamorro.
El movimiento revolucionario era dirigido por el general Juan José Estrada Morales, gobernador liberal de la Costa Atlántica; por el tenedor de los libros (contador) de las minas "La Luz y Los Ángeles", Adolfo Díaz Recinos; por un militar representante de los terratenientes conservadores, Emiliano Chamorro Vargas y por el general, conservador, Luis Mena Vado.